jueves, 21 de noviembre de 2019

Secuenciación completa de exoma (WES) y del transcriptoma masivo (RNA-Seq) para priorizar tratamientos contra Leucemia Linfoide Aguda.

A partir de una muestra de tumor primario T-ALL (médula ósea) se realiza extracción de ADN con el kit QIAamp DNA y análisis de WES con una plataforma de secuenciación Illumina HiSeq2000 Miniusó; a su vez se  extrae ARN total utilizando el reactivo TriPure, tras eliminar ARN ribosómico, se procede a secuenciar con el instrumento Illumina HiSeq2500, los datos de RNA-Seq se interpretan utilizando el algoritmo predictivo EricScript. Esta técnica molecular se emplea para identificar alteraciones genéticas relevantes que incluyen variantes genéticas, niveles de expresión génica, transcripciones de fusión y variantes alternativas de empalme; datos utilizados por plataformas bioinformáticas como Pandrugs, que tras una selección de información, sugiere una lista de fármacos específicos para cada paciente con el objetivo de mejorar la efectividad de sus tratamientos, reducir los efectos secundarios no deseados y favorecer su tasa de supervivencia.

REFERENCIA

domingo, 17 de noviembre de 2019

Técnica de retrotranscripción - reacción en cadena de polimerasa (RT-PCR) en Leucemia Linfoide Aguda

Para el diagnóstico y seguimiento del proceso de remisión (enfermedad mínima residual) en pacientes con Leucemia Linfoblástica Aguda se emplea varias pruebas de laboratorio; entre ellas se encuentran las técnicas moleculares, mismas que cumplen un rol determinante desde hace ya algunos años y se mantienen hasta la actualidad. 



En el ¨Estudio del reordenamiento molecular de los genes TEL/AML1 en la leucemia linfocítica aguda¨ se empleo el RT-PCR para demostrar la existencia de una translocación críptica, la t (12;21) (p12;q22) en la LLA de tipo B, que no se detecta por las técnicas citogenéticas convencionales e involucra los oncogenes TEL y AML1. Así se clasifica en un subgrupo a los pacientes con este marcador que indica una evolución favorable.

Para la investigación se estudió un total de 20 pacientes pediátricos con diagnóstico de LLA-B, en edades que oscilaron entre 1 y 14 años. En el momento del estudio, 18 pacientes se encontraban en la etapa de diagnóstico inicial y 2 en recaída hematológica, de quienes se obtuvo ARN.

Extracción de ARN
1. El aislamiento de leucocitos de muestras de médula ósea o sangre periférica mediante un        gradiente de Ficoll-Telebrix 38 según el método convencional.
2. Purificación del ARN por el método de fenolcloroformo.
3. La integridad del ARN se comprobó con una electroforesis en gel de agarosa al 1,5 %.

Genes: Síntesis del ADNc con la enzima reverso transcriptasa y técnica de PCR para la amplificación del ADNc de la fusión TEL/AML 1 según el protocolo de BIOMED.

Reacción de PCR - máquina MJ-Research, INC. Versión 1.2.
1. Desnaturalización a 94 ° C, 1 min                   
2. Hibridación a 65 ° C, 1 min                                   35 ciclos
3. Elongación a 72 ° C, 1 min

Visualización: Electroforesis
Sensibilidad y especificidad: no se indica, pero si se manifiesta que se realiza una segunda reacción de PCR (anidado o nested)

REFERENCIAS:

domingo, 10 de noviembre de 2019

Pruebas de Tamizaje y Complementarias para el diagnóstico de Leucemia Linfoide Aguda


Ante signos y síntomas de la leucemia linfoide aguda en edad pediátrica, se recomienda realizar pruebas paraclínicas: hemograma con recuento de plaquetas, extendido de sangre periférico, función hepática, renal, electrolitos (Na, K, Cl, Ca, fósforo), DHL, ácido úrico, hemoclasificación, fenotipo del Rh, pruebas de coagulación, coprológico. Descartar la existencia de infecciones bacterianas, virales (CMV, VEB, hepatitis B/C y HIV).  
Para un diagnóstico confirmatorio es necesario tomar muestra de sangre periférica, aspirado de médula ósea y biopsia para realizar estudio morfológico, inmunológico, genético y biología molecular.

REFERENCIA

sábado, 2 de noviembre de 2019

Alteraciones de la Epigenómica en Leucemia Linfoide Aguda


Las alteraciones genéticas son la base de la etiología de la LLA, pero son necesarias alteraciones epigenéticas, tales como: la hipermetilación del DNA en regiones promotoras, la sobreexpresión de enzimas desacetilasas de histonas o la expresión alterada de microARNs, para el desarrollo leucémico.

La metilación del DNA es el mecanismo epigenético más ampliamente estudiado en la LLA; consiste en la adición covalente de grupos metilo al carbono 5 de la citosina del DNA, principalmente en la secuencia promotora 5’-CpG-3’, conocida como isla CpG. Esto conlleva al silenciamiento en la expresión de los genes TIE1, MOS, CAMLG, GPRC5C, involucrados en señalización; MCTSI y DGKG, que participan en regulación del ciclo celular y proliferación; PABPN1 y PABPC5, que participan en metabolismo de RNA; PROP1, TAF3, H2AFY2, ELF5, ZBTB16, CNOT1 Y TADA2A, involucrados en regulación transcripcional, así como los genes homeóticos HOXA5 HOXA6.


REFERENCIA